1.转录组2.高通量测序3.转录组数据分析4.差异表达基因分析5.趋势性上调和下调基因分析6.基因集功能富集分析1.2转录组研究的重要性转录组的研究可以提供什么条件下什么基因表达什么信息，从而推断相应未知基因的功能，揭示特定调节基因的作用机制对转录本的定量可以了解特定基因的活性和表达量，用于疾病的诊断和治疗通过对转录组的研究，也让个性化医疗的目标，从共性转移到个性，成为可能1.3转录组研究的技术几种转录组研究所用技术的比较DNA芯片技术：只适用于检测已知序列，却无法捕获新的mRNA。杂交技术灵敏度有限，对于低丰度的mRNA，微阵列技术难以检测，也无法捕获到目的基因mRNA表达水平的微小变化。SAGE(基因表达系列分析)：大家有疑问的，可以询问和交流MPSS(多重性平行定序)：1.4转录组测序(2)RNA聚合酶II负责蛋白质编码基因和调控非编码RNA的转录，在真核生物的不同生理和病理状态下表达量被严格调控，一直吸引着各生命科学研究领域的重点关注，无比幸运的是，由RNA聚合酶II生成的转录的末端均含有3’端多聚腺苷尾【3’poly（A）tail】。转录组测序一般是对用多聚胸腺嘧啶（oligo-dT）进行亲和纯化的RNA聚合酶II转录生成的成熟mRNA和ncRNA进行高通量测序。这样的数据有效排除了看家非编码RNA的干扰，可以通过一次测序获得一种细胞内几乎所有重要基因的表达参数。转录组高通量测序的优势？转录组前沿研究简介2.高通量测序2.1高通量测序优势？2.2高通量测序技术的应用2.3三种常见的测序平台IlluminaGenomeAnalyzera、Solexa测序专用的测序芯片（flowcell）表面连接有一层单链引物（Primer）,单链状态的DNA片断与芯片表面的引物通过碱基互补被一端固定在芯片上；c、双链再次变性后成为单链，其一端固定在测序芯片上，另外一端（5’或3’）随机和附近的另外一个引物互补，被固定住，形成“桥“(bridge)；d、在测序芯片上同时有上千万DNA单分子发生以上的反应；f、双链经变性成单链，再次形成桥，成为下一轮扩增的模板继续扩增反应；g、在反复进行30多轮扩增，每个单分子得到了1000倍扩增，成为单克隆“DNA簇群”；3）测序反应IlluminaGenomeAnalyzerIIx是一种基于单分子簇的边合成边测序技术，基于专有的可逆终止化学反应原理。测序时加入带有4种荧光标记的dNTP，每个碱基末端被保护基团封闭，每个循环只允许单个碱基合成，经过扫描，读取该次反应后的荧光信号结果，该保护基团被除去，下一个反应可继续进行，如此反复，得出碱基的精确序列。illumina测序平台的特点454/GS-FLX系统的测序技术（3）在ATP硫酸化酶的作用下，生成的PPi可以和APS结合形成ATP；在荧光素酶的催化下，生成的ATP又可以和荧光素结合形成氧化荧光素，同时产生可见光。通过CCD光学系统即可获得一个特异的检测峰，峰值的高低则和相匹配的碱基数成正比。（4）反应体系中剩余的dNTP和残留的少量ATP在Apyrase的作用下发生降解。（5）加入另一种dNTP，使第2－4步反应重复进行，根据获得的峰值图即可读取准确的DNA序列信息。2）工作流程：ABISOLID3systemSOLiD系统特点1）高准确度:双碱基编码检测技术在测序过程中对每个碱基判读两遍，从而减少原始数据错误，提供内在的校对功能。2）高通量：单次运行可产生50GB的序列数据。3）可扩展性4）灵活性5）运行时间较长，测序片段相对较小：单次运行时间长达7天，最短3.5天。最长2*50bp。测序技术的比较3.转录组数据分析4.差异表达基因分析4.1差异倍数法4.2卡方检验4.2.Fisher精确检验计算步骤：1.确定统计量，如ᵡ2，计算ᵡ2记为ᵡ02；2.对于每个可能的四格表计算ᵡ2和P；3.符合ᵡ2>=ᵡ02的那些四格表的P值之和，即为确切概率P值假设检验问题FalseDiscoveryRate(FDR)其他方法方差分析5.趋势性上调或下调基因分析数据的聚类分析DiffuselargeB-celllymphoma(DLBCL)6.基因集功能富集分析富集分析中常用的统计方法：GO(GeneOntology)富集分析GO注释体系特点差异基因GO分析GO功能分类是在某一功能层次上统计蛋白或者基因的数目或组成，往往是在GO的第二层次。此外也有研究都挑选一些Term，而后统计直接对应到该Term的基因或蛋白数。结果一般以柱状图或者饼图表示。以差异基因作为前景基因，全部基因作为背景基因（参考基因），找出差异基因相关的GO分类，计算这些差异基因同GO分类中某（几）个特定的分支的超几何分布关系，GO分