编号：时间：2021年x月x日书山有路勤为径，学海无涯苦作舟页码：第PAGE6页共NUMPAGES6页第PAGE\*MERGEFORMAT6页共NUMPAGES\*MERGEFORMAT6页生物信息学实验BioinformaticsExperiment【课程编号】1411010【课程类别】专业方向课【学分数】1学分【适用专业】生物技术、生物科学【学时数】32学时【编写日期】2007年6月一、教学目标本课程旨在使学生了解生物信息学基本知识，掌握生物信息学的基本思路与方法。把最基本的生物信息学计算技术进行联机学习，突出基础性和实用性，让每个同学通过实际操作来体验复杂的生物学数据及其相关的分析手段。通过本课程的学习，可以深化学生理解和使用由高通量技术所产生的大量生物信息的生物学背景及其分析方法；同时本课程与专业的需求紧密结合，通过学习，使学生能够快速检索网上信息，从而了解本学科的前言知识；通过学习使学生能够与生物信息大型数据库建立连接，取得已有的数据，从而为自己的研究服务。二、教学内容和学时分配实验一、GenomicDatabases4学时基础性主要内容：UCSCGenome,BrowserNCBIMap,ViewerEnsembl教学要求：了解当前全球三个主要的基因组数据库：UCSC、NCBI和Ensembl。了解三个数据库共有的特点，以及在可视化、提供的信息、所用到的序列比对工具等方面的不同之处。以人类胰岛素基因Insulin为例，理解三个数据库是如何注释geneduplication、EST、SNP等基因组信息的。结合三个数据库的各自特点，掌握如何从数据库中获取与基因相关的序列、三维结构、功能、遗传变异等信息。重点、难点：三个数据库都涵盖了几乎所有的基因组信息，因此从众多信息中如何获得自己所感兴趣的是本次试验课的重点，也是难点。其它教学环节：实验课刚开始，授课老师结合ppt，以人类胰岛素基因Insulin为例，讲授本次实验课的主要内容，并布置本次实验作业。在实验过程中，授课老师提议同一个小组的学生一起讨论，有问题向授课老师或助教提问。同时，学生可以在论坛中（专门为生物信息学试验课设计的）发表自己的见解、交流学习心得。实验二、NCBIPubMed4学时基础性主要内容：NCBIPubMed：综合的文献检索数据库，包含了>1600万篇生物化学文章的引文，这些文章来源于MEDLINE和其他生命科学学领域的期刊。教学要求：了解NCBI的Entrenz系统，一个集成了PubMed、核酸序列、蛋白质序列、三维结构等信息的搜索系统。了解PubMed数据库的基本内容。理解PubMed文献搜索的格式。三掌握如何在PubMed中按照主题词、作者名、出版年份、研究机构等关键字进行文献搜索。重点：按照几种主要的关键字进行文献检索难点：按照主题词进行文献搜索。其它教学环节：实验课刚开始，授课老师结合ppt，讲授本次实验课的主要内容，并布置本次实验作业。在实验过程中，授课老师提议同一个小组的学生一起讨论，有问题向授课老师或助教提问。同时，学生可以在论坛中（专门为生物信息学试验课设计的）发表自己的见解、交流学习心得。实验三、BrowsersandToolsforGeneticVariantsAnalysis4学时基础性主要内容：HapMapGenericGenomeBrowser,NCBIdbSNPs,Haploview教学要求：了解三者的主要内容，及主要功能。HapMapphaseI，phaseII是全面的有关人类遗传变异数据库，NCBIdbSNP存储了所有的人类SNP数据，Haploview是通用的LD分析软件。理解dbSNP所存储的所有人类SNP数据，质量并不是都很可靠的，因此dbSNP为每一个SNP专门设置了“ValidationStatus”信息。掌握从HapMap和dbSNP中获取一段染色体片断相关的遗传变异信息。重点：掌握从HapMap和dbSNP中获取一段染色体片断相关的遗传变异信息。难点：如何使用Haploview工具进行LD分析。其它教学环节：实验课刚开始，授课老师结合ppt，以人类BRCA2基因为例，讲授本次实验课的主要内容，并布置本次实验作业。在实验过程中，授课老师提议同一个小组的学生一起讨论，有问题向授课老师或助教提问。同时，学生可以在论坛中（专门为生物信息学试验课设计的）发表自己的见解、交流学习心得。实验四、GenomeDatabases，LiteratureDatabaseandGenomicVariationDatabases4学时综合性主要内容：充分运用所学的各种生命科学知识，各小组独立选题、设计、构思一个以数据库检索