蛋白质组学一、蛋白质组学真正在细胞内和细胞间发挥各种生物学作用的是蛋白质类物质，即基因表达的产物，因此对蛋白质功能的研究显得更有意义。生物学也因此在HGP完成后,被重新划分为前基因组时代和后基因组时代两部分。1.蛋白质组学概念蛋白质组(proteome)概念于1994年由澳大利亚科学家MarcWilkins首次提出，是蛋白质（protein）和基因组（genome）两个词的组合词，意思是proteinsexpressedbyagenome,即基因组表达的全套蛋白质。由于受到基因表达调控的影响，基因表达存在着时间、空间、个体间的差异，即使在同一个体内，不同阶段和不同生理状态下，基因表达的情况也不相同，因此蛋白质组是一个动态的概念。蛋白质组学（Protemics）则是以蛋白质组为研究对象，从整体角度，分析细胞或组织内蛋白质构成的动态变化和活动规律的科学。2.表达蛋白质组学的技术平台双向凝胶电泳技术（two-dimensionalgelelectrophoresis,2-DE）质谱技术（massspectrometry,MS）生物信息学（biologicalinformatics）双向凝胶电泳原理：相互垂直的两个方向上，分别基于蛋白质不同的等电点和分子量，先经等电聚焦电泳(isoelectricfocusing，IEF)，再经变性聚丙烯酰胺凝胶电泳（SDS-PAGE）把复杂的蛋白质成分分离。1975年由O’Farrell等首先创立，Bjellqvist等发展并完善固相pH梯度等电聚焦技术，为首选的蛋白质分离技术。固定pH梯度胶条（immobilizedpHgradients，IPG）第一向电泳——等电聚焦仪第二向聚丙烯酰胺凝胶电泳（sodiumdodecylsulfate–polyacrylamidegelelectrophoresis，SDS-PAGE）单向SDS-PAGE电泳图双向电泳凝胶图1.差异凝胶电泳(Differencesgelelectrophoresis)激光捕获显微切割技术(LaserCaptureMicrodissection,LCM)质谱技术20世纪80年代后期，基质辅助激光解吸电离（matrix-assistedlaserdesorptionionization,MALDI）和电喷雾电离（electrosprayionization,ESI）两种“软电离”技术的出现使得质谱技术得到迅速的发展，成为蛋白质鉴定的核心技术。所谓“软电离”是指样品分子电离时保留整个分子的完整性，不会形成碎片离子。基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱（matrix-assistedlaserdesorption/ionizationtimeofflight---massspectrometry，MALDI-TOP-MS）MALDI-TOP-MS工作原理双向电泳与质谱技术的联合应用成为蛋白质组学研究的基本技术平台。生物信息学随着人类基因组计划、计算机网络技术的发展而诞生的一门新兴学科，是蛋白质组学研究中不可缺少的一部分。在蛋白质组学研究中有两个重要应用：一是分析和构建双向凝胶电泳图谱，二是搜索与构建蛋白质组数据库。生物信息学的组成蛋白质数据库表达蛋白质组学研究的基本流程样品制备的原则样品制备的主要试剂双向电泳凝胶图凝胶软件分析蛋白点获取及胶内酶解质谱分析——肽质量指纹图谱生物信息学Mascot软件搜索蛋白得分图二、肿瘤标志物(tumormarker,TM)理想TM应具有以下特性:①灵敏度高,能早期发现和早期诊断肿瘤；②特异性好,仅肿瘤患者阳性,能对良恶性肿瘤进行鉴别诊断；③能对肿瘤进行定位,具有器官特异性；④与病情严重程度、肿瘤大小或分期有关；⑤能监测肿瘤治疗效果和肿瘤的复发；⑥能预测肿瘤的预后。目前应用于临床的肿瘤标志物可分为以下几类:(1)肿瘤胚胎性抗原,如CEA(carcinoembryonicantigen)、甲胎蛋白(alphafetoprotein,AFP)；(2)异位激素,如绒毛膜促性腺激素(humanchorionicgonadotropin,HCG)、前促胃液素释放肽(Pro-gastrin-releasingpeptide,ProGRP)；(3)酶和同工酶,如神经元特异性烯醇化酶(neuronspecificenolase,NSE)、乳酸脱氢酶(lactatedehydyogenase,LDH)、前列腺酸性磷酸酶(prostateglandacidityphosphatase,PAP)；(4)血浆蛋白,如β2-巨球蛋白；(5)细胞代谢产物,如细胞角蛋白19片段(cytokeratin19fragment,CYFRA)、脂质相关涎酸；(6)肿